본 연구는 ‘지역특화산업육성사업’을 대상으로 R&D 성과별 효율성과 영향 요인을 분석하였다. 산업통상자원부와 중소벤처기업부 간 주관부처 차이를 중심으로, 부스트랩 DEA와 토빗 회귀분석을 활용해 과학적･기술적･경제적･사회적 성과의 효율성을 측정하였다. 분석 결과, 기술적･경제적 성과는 산업부, 사회적 성과는 중기부가 상대적으로 높았으며, GRDP･재정자립도･공동장비 활용률･협력연구 비율 등은 효율성에 유의한 영향을 미쳤다. 이를 토대로 국가 R&D 관리체계 정합성과 지역 맞춤형 정책 필요성을 제언하였다.