본 연구는 국고보조사업에 대한 지방비 부담 협의, 지방재정부담심의위원회 등 국가와 지방 간 재원분담 관리제도의 문제점을 알아보고 해당 제도의 실효성을 높일 수 있는 방안을 모색하는 데 목적이 있다. 우선 국가와 지방 간 재원분담 관리제도의 문제점으로, 지방비 부담 협의와 관련해서는 실질적 협의를 위한 사전준비 부족, 지방재정영향평가 대상의 제약 및 결과에 대한 심층분석 결여, 지방재정부담심의위원회와 관련해서는 지방의 참여 보장 수준 미흡, 의결 사항의 환류 제약, 광역과 기초 간 재원분담 비율 조정에 관한 논의 부족을 제시했다. 이러한 문제의 해결을 위한 개선방안으로 다음을 제안했다. 첫째, 지방비 부담 협의 단계에서 국고보조사업별로 재원분담 실태와 이것이 지방재정에 미치는 영향을 체계적으로 파악할 수 있도록 기존 분석 틀을 보완한다. 둘째, 지방비 부담 협의 대상 사업 중 지방재정영향평가서 제출 대상을 확대하고 평가 결과에 대한 심층분석을 실시한다. 마지막으로 지방재정부담심의위원회에 대한 지방 참여를 활성화하고 의결 사항의 환류를 강화한다.